Dbałość o cieki wodne
KRNAP chroni ponad 550 km cieków wodnych, dbając o zachowanie ich funkcji ekologicznej i krajobrazowej, w tym geomorfologii dolin rzecznych i wystarczających przepływów. Między innymi dba o roślinność brzegową, utrzymanie istniejących grodzeń, usuwanie materiału drzewnego i naniesionego żwiru z koryt rzek, zapobieganie powodziom. Opiniuje w kwestii budowy małych elektrowni wodnych, żeby nie były one w konflikcie z innymi interesami ochrony przyrody (aspekty geomorfologiczne, botaniczne, zoologiczne lub krajobrazowe).